Në këtë gjendje të acaruar të marrëdhënieve shqiptaro-turke, kur konflikti me xhonturqit për çështjet e kulturës shqiptare kishte arritur kulmin e tij, atdhetarët shqiptarë mblodhën një kuvend tjetër kombëtar, Kongresin e Dytë të Manastirit. Ky tubim u thirr me nismën e klubit “Bashkimi” të Manastirit dhe i zhvilloi punimet nga 2-3 prill të vitit 1910.
Në Kongres morën pjesë 20 delegatë, që përfaqësonin 34 klube e shoqëri të vilajeteve të Shkodrës, të Kosovës, të Manastirit e të Janinës, si edhe klubet shqiptare të Stambollit, të Selanikut e të qendrave të tjera. Kongresit i erdhën telegrame përshëndetjeje nga anë të ndryshme të Shqipërisë dhe nga shoqëritë atdhetare të mërgimit.
Ndryshe nga kongreset e mëparshme kombëtare, në këtë kuvend pati një numër mjaft të madh delegatësh nga qytetet e vilajeteve të Kosovës dhe të Manastirit, nga Peja, Gjakova, Gjilani, Mitrovica, Vuçiterna, Shkupi, Tetova, Dibra, Struga, Ohri etj. Midis delegatëve ishin Dervish Hima, Fehim Zavalani, Petro Nini Luarasi, Hysni Curri, Ferit Ypi, Bedri Pejani, Qamil Shkupi, Gjergj Qiriazi, Bejtullah Gjilani, Themistokli Germenji, Tefik Panariti, Hajdar Blloshmi, Abdullah Efendiu (nga Struga), Qazim Iliaz Dibra, Rexhep Mitrovica, Xhafer Kolonja etj. Kryetar i Kongresit u zgjodh Bedri Pejani, ndërsa sekretarë Ferit Ypi dhe Petro Nini Luarasi.
Sikurse dëshmon “Zëdhënia” që klubi “Bashkimi” i Manastirit shpërndau me këtë rast, qëllimi i këtij Kongresi ishte të diskutonte çështjet që kishin të bënin me mbrojtjen e shkollës, të shkrimit e të kulturës kombëtare kundër reaksionit xhonturk dhe kundër politikës asimiluese të xhonturqve. Kongresi do të merrte masa të mëtejshme për zgjerimin e rrjetit të shkollave shqipe dhe për zhvillimin e kulturës shqiptare në tërësi. Kongresi i Dytë i Manastirit ishte një manifestim politik e kombëtar shqiptar. Si në fjalimet e delegatëve, ashtu edhe në vendimet e Kongresit u shpreh protesta kundër përndjekjeve që po u bëheshin shkollës e alfabetit shqip nga Komiteti Qendror “Bashkim e Përparim” dhe nga qeveria turke.
Dervish Hima, që mbajti edhe fjalën e hapjes në Kongres, foli “për nevojat e zhvillimit të arsimit, të përhapjes së diturisë dhe të përparimit të kombit shqiptar”. Ai dhe delegatët e tjerë, si Ferit Ypi, Tefik Panariti etj., kritikuan Komitetin Qendror “Bashkim e Përparim”, i cili, në kundërshtim me premtimet që u kishte bërë shqiptarëve, po u mohonte të drejtën e arsimit kombëtar dhe të përdorimit të lirë të gjuhës shqipe, ndërhynte egërsisht në çështjen e alfabetit të gjuhës shqipe, që ishte një e drejtë e natyrshme e njerëzore si për çdo popull. Ky qëndrim i xhonturqve u cilësua nga delegatët si një përpjekje për të përçarë shqiptarët sipas dasive fetare, për të osmanizuar myslimanët shqiptarë dhe për të penguar përparimin kulturor dhe emancipimin politik të kombit shqiptar. “Na kanë shpallur luftë në fushën e shkronjave”, theksoi Dervish Hima në Kongres, prandaj “ne që jemi mbledhur këtu, bashkë me gjithë atdhetarët shqiptarë, do t’i mbrojmë me çdo mjet shkronjat tona kombëtare…”.
Kongresi tërhoqi vëmendjen e gjithë atdhetarëve shqiptarë për rrezikun e shkombëtarizimit dhe të aneksimit të territoreve të Shqipërisë nga shtetet fqinje, nga Serbia, Greqia e Bullgaria. Serbia, u tha në Kongres, duke ndjekur një politikë shoviniste, synon të pushtojë Kosovën, të cilën e ka pagëzuar me emrin “Stara Serbia”, ndërsa qarqet politike të Greqisë po përpiqen me të gjitha mjetet, duke përdorur klerikët ortodoksë konservatorë e progrekë, shkollat e mësuesit grekomanë, të asimilojnë shqiptarët e krishterë dhe të aneksojnë territoret e Shqipërisë së Jugut. Petro N. Luarasi theksoi në fjalën e tij se këta klerikë fanatikë e grekomanë, të nxitur nga Greqia, mallkojnë e shkishërojnë banorët e fshatrave Progër, Negovan e Bellkamen sepse çojnë fëmijët në shkollat shqipe, ndërsa bandat e andartëve grekë, të paguar nga Athina, vrasin atdhetarët më të dalluar që përhapin mësimin e shkrimin shqip. Gjatë 5 vjetëve të fundit ishin vrarë në Negovan nga bandat greke 45 shqiptarë. Për të paralizuar këtë veprimtari Petro Nini Luarasi, përveç të tjerave, i propozoi Kongresit që të kërkonte që kisha shqiptare të ndahej nga Patrikana greke.
Aktet kryesore të Kongresit të Dytë të Manastirit ishin Programi prej 10 pikash dhe një Promemorje prej 4 pikash, që iu dërgua qeverisë turke. Në këto dokumente parashikoheshin masa të rëndësishme për zhvillimin e arsimit kombëtar, për mbrojtjen e alfabetit të shqipes, për botimin e librave dhe të teksteve shkollore shqipe. Për këtë qëllim do të ngrihej pranë klubit qendror një komision arsimor-kulturor, që në program quhej Akademi, i cili do të merrej me botimin e teksteve shkollore, të veprave letrare dhe të një fjalori shqip-turqisht e anasjelltas. Parashikohej të hapej në Shkup një shkollë normale me konvikt, e ngjashme me atë të Elbasanit, dhe të themelohej këtu një gazetë e re në shqip dhe në turqisht, me anën e së cilës do të informoheshin shqiptarët dhe opinioni publik evropian për ngjarjet e rëndësishme që po zhvilloheshin në këtë vilajet. Kongresi ngarkonte klubet dhe gjithë atdhetarët shqiptarë që të punonin për zgjerimin e mëtejshëm të rrjetit të shkollave shqipe, për sigurimin e lokaleve shkollore, të mësuesve dhe të mjeteve të nevojshme financiare.
Në Promemorjen prej katër pikash, që iu dërgua Portës së Lartë, parashtroheshin këto kërkesa: të jepej liri e plotë për mësimin e gjuhës shqipe, në përputhje me të drejtat kushtetuese; të mënjanoheshin të gjitha pengesat që nxirrnin autoritetet shtetërore për zhvillimin e lirë të kombit shqiptar dhe veçanërisht të mos lejohej asnjë lloj ndërhyrjeje në mënyrën e mësimit të gjuhës kombëtare (shqipe), duke ua lënë të drejtën e zgjedhjes së alfabetit të shqipes, siç qe vendosur në Kongresin e Dibrës, mësuesve (shqiptarë); të caktohej nga qeveria një subvencion për shkollat e të krishterëve shqiptarë, për t’i shkëputur ato nga ndikimi i Greqisë dhe t’i kërkohej Patrikanës nga qeveria që të lejonte përdorimin e gjuhës shqipe gjatë predikimit në kisha. Promemorja ngarkonte klubin qendror shqiptar që të këshillohej me Shejhylislamin rreth “dëmit” që gjoja i shkaktohej fesë myslimane nga përdorimi i alfabetit latin për mësimin e shqipes.
Kongresi mori masa edhe për forcimin e lidhjeve organizative ndërmjet klubeve shqiptare dhe për bashkërendimin e veprimtarisë së tyre. U vendos që klubet shqiptare të kishin një rregullore të njëjtë dhe të detyrueshme për të gjithë. Kjo rregullore a kanonizëm e përgjithshme do të njihej zyrtarisht edhe prej qeverisë turke. Një vendim i tillë ishte marrë edhe në Kongresin e Elbasanit, por nuk ishte vënë në zbatim. Të gjitha klubet do të drejtoheshin nga klubi qendror shqiptar, atributet e të cilit tani, ndryshe nga vendimet që ishin marrë në kongreset e mëparshme, do t’i kishte klubi i Stambollit. Kongresi mendoi se duke e shpërngulur qendrën udhëheqëse të klubeve nga Manastiri në Stamboll do të krijohej një udhëheqje e vetme e Lëvizjes Kombëtare Shqiptare, ku të bashkoheshin drejtuesit e klubeve dhe deputetët atdhetarë shqiptarë të parlamentit, si Ismail Qemali, Hasan Prishtina, Shahin Kolonja etj. Këta deputetë parashikohej të përfshiheshin edhe në kryesinë qendrore të klubit të Stambollit.
Megjithatë, vendimi i Kongresit të Dytë të Manastirit, për të caktuar si klub qendror atë të Stambollit, nuk u pëlqye nga rrethet e gjera atdhetare të vendit. Edhe ngjarjet e mëvonshme, sidomos qëndrimi i udhëheqjes së këtij klubi ndaj kryengritjes shqiptare të vitit 1910, kur ajo mori hapur në mbrojtje xhonturqit, provuan se ky vendim ishte i gabuar. Po kështu u vendos që të thirrej në korrik të vitit 1910 një kongres më i gjerë në Janinë, i cili, krahas problemeve të tjera, do të zgjidhte përfundimisht problemin e alfabetit, duke zgjedhur njërën prej dy abëcëve latine, të miratuara nga Kongresi i Parë i Manastirit.
Në Kongresin e Dytë të Manastirit, ashtu si në ato të mëparshmet, u mbajtën edhe mbledhje të fshehta, në të cilat u diskutuan çështje të tilla politike, siç ishin forcimi i komiteteve të fshehta dhe masat që duheshin marrë për përgatitjen e një kryengritjeje të përgjithshme. Por, ndërsa për komitetet e fshehta u mor vendim që të zgjeroheshin e forcoheshin më tej, për përgatitjen e kryengritjes së përgjithshme nuk u mor ndonjë masë. Kjo çështje u la të diskutohej e të vendosej në kongresin e ardhshëm. Sipas të dhënave të bashkëkohësve, në mbledhjet e fshehta u hartua edhe një program politik, të cilin ata e quanin platformë “të autonomisë së Shqipërisë”, ku, përveç të tjerave, parashikohej njohja zyrtare e kombit shqiptar, mësimi i gjuhës shqipe në të gjitha shkollat e Shqipërisë dhe njohja e saj si gjuhë zyrtare. Megjithatë, ky program nuk u përfshi në asnjërin nga dy aktet e shpallura botërisht të Kongresit.
Kongresi i Dytë i Manastirit, ashtu si mitingjet, protestat dhe manifestimet e tjera që u zhvilluan në Shqipëri në pragun e këtij kuvendi, në shkurt-mars të vitit 1910, shprehën vendosmërinë e shqiptarëve për mbrojtjen e shkrimit shqip, të shkollës dhe të kulturës kombëtare në tërërsi. Ato ishin, njëherazi, një paralajmërim për kryengritjen e armatosur që do të shpërthente në pranverën e vitit 1910.
